En total, cuenta con unas 500 especies vegetales distribuidas en cinco zonas temáticas: investigación; historia geológica de la región; jardines; laguna endorreica y laguna kárstica; y área natural con especies autóctonas de Castilla-La Mancha.
El jardín botánico cuenta además con dos edificios: uno para investigación, con laboratorios dedicados sobre todo a la conservación de las especies autóctonas, y otro edificio de servicios para conferencias, congresos, etc.
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